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Korea Bioinformation Center

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KOBIC 소식

국가통합바이오빅데이터구축사업 관련 소식 (게시글 내 수요 기초조사QR)

국가통합바이오빅데이터구축사업 관련 소식 (게시글 내 수요 기초조사QR) 정밀의료•산업혁신을 위한 100만 국가통합바이오빅데이터구축을 위해 참여자 동의를 기반으로 감체(혈액, 소변 등)를 확보하고, 임상정보, 유전체 데이터의 생산 및 공공데이터•개인보유건강정보의 수집•연계를 통해 R&D 인프라로서 '데이터 뱅크'를 구축하는 사업입니다. 국가생명연구자원정보센터는 사업에서 핵심 축 중에 하나인 유전체 등 오믹스 데이터를 생산•분석하는 역할을 수행하고 있으며 KOBIC 사이트에 방문하시는 분들께서도 많은 관심과 참여를 해주시면 감사하겠습니다. - 해당 QR은 데이터 수요에 대한 기초조사 및 데이터구축 대상 참여자 사전신청에 대한 QR로 5/15일까지 접근이 가능합니다. 2025-05-12

KOBIC 공지

27 2025.05
GBox 2.1.0 버전 업데이트 안내새글 안녕하세요,KOBIC에서 제공하는 GBox 서비스의 2.1.0 버전이 배포되었습니다.이번 업데이트를 통해 사용자 편의성이 크게 향상되었으며, 다양한 기능 개선 및 안정화 작업이 포함되었습니다.✅ 주요 업데이트 내용- 애플리케이션 실행 시 자동으로 최신 버전 확인 및 무중단 업데이트 적용- 국문 및 영문 인터페이스 자동 전환을 지원하는 다국어 사용자 환경 구현- 메인 메뉴 구조를 기능 그룹 중심으로 재편하여 접근성과 직관성 강화- 파일 트리 새로고침 시 탐색 중인 경로 자동 복원 기능 도입- 파일 복사 후 붙여넣기 버그 개선✅ 해결된 주요 문제- 구버전에서 수동 설치가 요구되던 업데이트 방식을 자동화하여 사용자 불편 해소- 인터페이스 언어가 OS 언어와 불일치 시 발생하던 UI 로딩 오류를 개선- 기능이 중첩된 메뉴 구조를 간소화하고 사용 목적별 정렬로 UX 혼란 해소- 파일 탐색 및 관리 기능 버그 개선GBox 2.1.0 버전은 Windows, Mac, Linux 환경에서 모두 사용하실 수 있으며,보다 안정적 데이터 전송 환경을 제공합니다.지속적인 기능 개선과 사용자 편의 향상을 위해 노력하겠습니다.감사합니다.🔗 GBox 다운로드 바로가기📩 문의: cloud_team@kobic.re.kr

최신 연구 등록 정보

BioProject N-terminal and whole-protein profiling on R-catcher-enriched samples
  • Project IDKAP241518
  • NTIS 과제번호NRF-2021R1A6A3A01088437

공개 분석 파이프라인

Single-Cell-RNA-Sequencing-Pipeline

Whole-genome sequencing pipeline

The Whole-genome sequencing(WGS) pipeline is a modular toolkit for processing WGS data. This pipeline takes a FASTQ file as input and provides haplotype call results and annotations and visualizations based on GATK pipeline. First, raw read data with well-calibrated base error estimates in FASTQ format are mapped to the reference genome. The BWA mapping tool is used to align reads to the human genome reference, allowing for up to two mismatches in 30-base seeds, and generate a technology-independent SAM/BAM reference file format. Next, duplicate fragments are marked and removed using Picard(http://picard.sourceforge.net), mapping quality is assessed and low-quality mapped reads are filtered, and Paired-read information is also evaluated to ensure that all mate-pair information is in sync between each read. We then refine the initial alignments with local realignment and identify suspicious regions. Using this information as a covariate along with other technical covariates and known sites of variation, the GATK base quality score recalibration(BQSR) is performed. Germline SNPs and indels are called via local reassembly of haplotypes using the recalibrated and realigned BAM files. Finally, we provide Somalier, a tool to quickly assessing sample relevance from sequencing data in BAM, CRAM or VCF format.
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Single-Cell-RNA-Sequencing-Pipeline

Single-cell RNA sequencing pipeline

The Single-cell RNA sequencing pipeline is an extensible toolkit for analyzing single-cell gene expression data using the Scanpy framework. It includes methods for preprocessing, visualization, clustering, and differential expression testing. Its Python-based implementation efficiently handles datasets containing more than one million cells. We introduce ANNDATA, a generic class for managing annotated data matrices. The pipeline features: 1. Regression of confounding variables, normalization, and identification of highly variable genes. 2. t-SNE and graph-based (Fruchterman–Reingold) visualizations that show cell-type annotations derived from comparisons with bulk expression data. 3. Clustering of cells and visualization using the Louvain algorithm, with support for other clustering algorithms as well. 4. Ranking differentially expressed genes in clusters to identify marker genes corresponding to bulk expression labels.
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KOBICian's Story
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[57호] 예산의 블랙홀 - 세금고지서에서 3색 볼펜까지의 무한루프 조근형
한국 국적의 여러분들은 대한민국헌법 제38조에 따라 납세의 의무를 부담합니다. 한편, KOBIC에서 근무하는 여러분들은 원활하고 효율적인 업무를 위해 3색 볼펜을 구매·사용할 권리를 가진다고 말할 수도 있겠습니다. 이하에서는 예산 실무 지원 전임(前任) 담당자로서 예산 업무의 이관을 기념(?)하여 우리가 부과하는 세금이 어떤 과정을 거쳐 3색 볼펜의 사용까지에 이르는지 그 과정을 살펴보고자 합니다.예산은 납세를 통해 모아진 국가의 재원을 배분하여 집행하기 위한 계획으로, 그 시작은 정부의 예산안 편성에서 시작됩니다. 연초가 되면 우선 각 정부부처는 매년 1월 31일까지 한국의 곳간 열쇠를 가지고 있다고 표현되는 기획재정부에 향후 5년간(=5회계연도)의 주요 계속사업에 대한 중기사업계획서를 제출해야 합니다. 그 이후에는 그 사업계획을 기획재정부의 사업 담당자가 판단할 수 있도록 ‘중기 심의’ 과정을 거치게 되는데, 이 과정에 대한 심의 양식 작성이 필요하며, 그 이후에는 기획재정부에 대한 사업설명회도 진행합니다(대체로 3월 중).각 부처에서 사업계획서를 제출받은 기획재정부는 향후 5년간 적용할 재정운용의 기본방향, 경제성장률, 세입규모 전망 등을 고려하여 국가재정운용계획을 수립하고 매년 3월 31일까지 각 부처에 이를 통보합니다. 실무적으로는 이 과정에서 각 부처에 ‘지출한도’를 통보합니다. 쉽게 말하면 가정 내에서 각 구성원이 다음 달에 지출할 비용에 대한 계획을 제출하라고 하면 각자가 필요한 계획을 제출했을 때, 결정권자가 ‘닌텐도 스위치 구입은 고장난 세탁기 수리보다 급하지 않으니 제외(한도외 편성-추가 예산이 발생하면 집행 검토)’, ‘발목 부상으로 인해 다음 달 필라테스 강습을 못 받게 되었으니(불용예산), 이 비용으로 외식비를 집행(예산전용)’ 등의 결정을 하게 되는데, 이렇게 각 부처가 지출할 수 있는 한도를 설정해주는 것이지요.그런데 일반적인 국가 예산의 집행과는 다르게 ‘국가연구개발사업(=R&D)’의 예산은 절차가 조금 다릅니다. 위에서 설명한 과정은 「국가재정법」에 따른 것인데, 과학기술분야의 R&D 예산을 규정하는 「과학기술기본법」은 국가 사업 중 국가연구개발사업과 관련해서는 중기사업계획서를 1월 31일까지 과학기술정보통신부장관에게, 국가연구개발투자의 방향은 중기사업계획서 검토 후 과학기술자문회의의 심의를 거쳐 기획재정부장관 및 관계 중앙행정기관의 장에게, 예산요구서도 5월 31일까지 과학기술정보통신부장관에게, 예산요구서 심의 결과를 6월 30일까지 기획재정부장관에게 알리라고 하고 있습니다. 다시 말하면 R&D 예산의 심의는 일부 그 역할이 과학기술정보통신부, 그 중에서도 과학기술혁신본부(중에서도 연구개발투자심의국)에 맡겨져 있습니다. 이 단락에서의 과학기술정보통신부는 이 혁신본부를 말하는 것입니다.본론으로 돌아와서, 통보받은 지출한도를 기반으로 해서 4~5월에는 부처 내에서 예산안을 편성하게 됩니다. 부처 내에는 차관→실→국→과 등의 위계가 있고 과별로 사업이 편성되어 있기 때문에 부처 내에서도 통보받은 지출한도를 어떻게 나누어 지출할 것인지에 대한 협의가 필요합니다. 그 협의를 거쳐서 이른바 부처 내에서의 ‘실링(ceiling, 상한을 뜻하는 말)’이 통보되고, 이 실링에 따라 한도내 예산액을 정하여 예산요구서를 제출하게 됩니다. 예를 들어 중기사업계획에서 어느 사업에 대해 26년에 500억을 지출하겠다고 제출을 했는데, 지출한도 통보 이후, 부처 내에서 실링액이 결정되어서 해당 사업에 대해 400억 실링을 통보받으면, 예산요구서에는 “400억(한도내), 100억(한도외)”로 기재하여 심의를 받게 되는 것이지요. 실링은 대체로 4월 말 정도에 통보되어 예산요구서를 작성하게 되고, 해당 예산요구서가 혁신본부에 제출되면 그것을 근거로 대체로 5월 초에 해당 사업의 분과별 위원회에서 심의를 받게 됩니다. 5월 중에는 이 심의를 거쳐 혁신본부의 조정안이 결정되고, 조정의 과정은 3~4차까지도 진행되며, 그 과정을 거쳐 조정안이 6월 30일까지 기획재정부에 통보되는 것입니다. 즉, 4~6월은 혁신본부의 시간입니다.7~8월은 기획재정부의 시간입니다. 기획재정부가 본래적 의미의 예산 심의 담당 부처이기 때문에 기획재정부 역시 예산 검토를 수행해야 합니다. 혁신본부에서 통보한 예산요구서 심의 결과를 토대로 기재부 예산심의가 진행되며, 이 과정에서 기재부 대응을 위한 예산요구서 작성 및 예산의 적절성을 설명하는 등의 대응 절차를 거칩니다. 이 과정을 거쳐서 정부의 예산안이 기획재정부를 통해 확정되면 해당 예산안이 국회에 제출됩니다. 회계연도 개시 120일 전까지 국회 제출이기 때문에 9월 초 정도로 생각하면 됩니다.9~12월은 국회의 시간입니다. 헌법에 따라 회계연도 개시 30일 전까지 국회 의결이 있어야 하므로, 법적으로는 12월 2일에 국회 확정 의결이 있어야 합니다. 그 전까지는 국회 상임위, 예결위 등의 심사가 진행되며, 해당 심사에 활용될 예산 공통요구자료 등을 작성하고, 필요한 경우 각 의원실 또는 각 정당에서의 요구자료에 대응해야 합니다.통상 12월 초에 국회 의결을 거쳐, 각 사업의 차년도 집행을 준비해야 합니다.(정치상황에 따라 그렇지 않은 경우도 왕왕 있습니다) 일반적으로 사업을 집행할 연구관리전문기관에서 사업 집행의 근거가 되는 사업시행계획(안)을 마련하고, 각 사업의 추진위원회를 통해 심의·의결을 하게 됩니다. 이 과정 또한 저희 KOBIC에서 운영을 지원해왔습니다. 이제 사업 추진위원회 심의를 거쳐 1월이 되었으니 각 과제의 협약을 하고 연구비를 집행할 수 있게 되었습니다. 이 과정을 거쳐서 제 책상 위에는 3색 볼펜이 자리할 수 있게 되었습니다. 예산 업무도 한숨 돌리게 되었겠군요.그럴까요? 아닙니다. 이제 1월이 되었으니, 차년도 중기재정계획을 준비해야지요. 더욱이 여기에서는 예산 업무만 설명했을 뿐, 결산 업무는 지면상 말도 꺼내지 못했습니다. 그리고 사업의 필요성에 따라 4~6월에는 추가경정예산인 이른바 ‘추경’ 예산편성도 진행될 가능성이 있습니다. 때에 따라서는 감사원에서 자료 요구가 오기도 하며, 지출구조조정 대응, 고용영향평가 대응 등의 과정이 필요하기도 합니다.여러분께 이와 같은 지난한 과정에 대한 응원을 부탁드리겠습니다.
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국가바이오데이터스테이션 데이터 활용 바로가기

바이오 연구 데이터란 생명과학 분야의 국가 R&D 사업을 통해 생산된 모든 종류의 데이터를 의미하며, 이러한 데이터를 활용한 혁신 연구 방식이 각광받으면서 R&D 혁신을 견인하는 핵심요소로 부각되고 있습니다. 이를 위하여 부처·사업·연구자별 흩어져 있는 데이터를 통합 수집·제공하는 국가바이오데이터스테이션을 구축하여 데이터 기반 바이오 연구 환경을 조성하려 합니다.

데이터별 등록 현황

  • 2,106건

    바이오프로젝트

  • 107,565건

    바이오샘플

  • 2,360,919건

    등록된 데이터

바이오 프로젝트 등록 현황

등록 누적 건수(건)
국가 바이오 빅데이터 사업 사업소개 바로가기

정밀의료의 근간이 되는 바이오 빅데이터는 사후적 치료 중심에서 개인 맞춤형 치료·예방의료로 전환됨에 따라 중요도가 커지고 있습니다. 특히 선점 효과가 큰 바이오 산업의 경우 선제적 투자가 필요하며, 주요국들은 대규모 바이오 빅데이터를 구축하고 있습니다. 이에 따라 국가적으로 미래 의료 선도를 위한 국가 바이오 빅데이터를 구축하기 위해 본 사업이 시행되었습니다. 정밀의료 시대의 중심인 '바이오 빅데이터'를 국가차원에서 수집-저장-활용 할 수 있는 기반을 조성하고, 신산업 촉진 및 건강한 삶의 증진에 기여하고자 합니다.

임상정보 수집

16개 희귀질환 협력기관을 지정 운영하여 희귀질환자 모집 후 임상정보 수집

데이터 분석

수집된 희귀질환자의 검체를 자원 제작 기관으로 운송 후 유전체 데이터 생산ㆍ분석

데이터 공유

수집된 임상정보 및 유전체 데이터는 3개의 기관에서 컨소시엄을 구성해 공유

데이터 활용

분석한 데이터는 희귀질환자 상담 및 진료 ㆍ연구 활동 등에 활용

유전체 데이터 25,000
변이분석 데이터 25,000
임상 정보 25,000
코호트 7
감염병 연구정보포털 소개 바로가기

감염병 연구정보포털(Infectious Disease Data Portal)은 전 세계 감염병 바이러스의 연구데이터를 통합 제공하는 포털 서비스 입니다. 빠르게 변화하는 상황에서 감염병을 이해하고 치료법과 백신을 개발하기 위해 데이터와 결과를 조화롭게 공유하기 위해 KOBIC은 전세계 감염병의 연구정보데이터를 통합하여 제공하고 있습니다.

시퀀스 대시보드

88,386 국내 유전체 서열
1,354 국내 단백질 서열
19,685,177 국외 유전체 서열
35,837,682 국외 단백질 서열
19,764,289 코로나 유전체 서열
35,333,179 코로나 단백질 서열
바이러스

감염병 개요, 입자 및 유전체 구조, 생활사, 역학, 변이 등 바이러스에 대한 통합 정보를 제공

데이터

전세계에서 수집한 염기서열 및 단백질 서열, 단백질 구조를 품질분석하여 제공

통계

바이러스 데이터의 발병 시기, 지역, 변이 등 다양한 통계 서비스

분석도구

간단한 웹 기반의 감염병 표준 염기서열 BLAST 서비스

교육지원

  • 042-879-8582
  • bkbaik@kribb.re.kr

[종료] 제 50회 차세대 생명정보학 교육 워크샵 - 공간 전사체 분석 워크샵 (Advanced course)

  • 일시24. 08. 21(수) 13:00 ~ 24. 08. 21(수) 17:00
  • 장소한국생명공학연구원 KOBIC동 3층 교육실

[종료] 제 49회 차세대 생명정보학 교육 워크샵 - Illumina Dragen 활용 전장유전체 데이터 분석 교육

  • 일시24. 07. 23(화) 10:00 ~ 24. 07. 23(화) 17:00
  • 장소한국생명공학연구원 KOBIC동 3층 교육실

교육지원 누적 실적(건)

연구지원

국내 생명과학 연구의 활성화를 위하여 생명정보학 전문지식 습득 및 전산자원이 필요한 연구자 여러분들께 다양한 생명정보학 관련 연구를 지원합니다.

  • 042-879-8544
  • swhwang@kribb.re.kr

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